El templo de San Sebastián fue construido entre el siglo XVI y XVII. Fue el corregidor Polo de Ondegardo que instituyó en 1559 las primeras cinco parroquias cuzqueñas: Santa Ana, San Cristóbal, San Blas, Belén y la parroquia de Cachipampa con la denominación de San Sebastián o la de los Mártires. Alrededor del templo se configuró a las poblaciones nativas preexistentes, su construcción se hizo por partes y en distintos tiempos siendo concluida alrededor del año 1678 durante la gestión eclesiástica del Obispo Manuel de Mollinedo. Posteriormente, el terremoto de 1950 afectó seriamente su estructura; sin embargo, fue restaurado completamente y vuelto a su aspecto original. En 2012 el templo fue intervenido, restaurado y puesto en valor por el Ministerio de Cultura del Perú; no obstante, cuatro años después fue afectado por un incendio que destruyó gran parte de su patrimonio.