Los prefectos fueron una figura importante en el gobierno de los departamentos peruanos. En 1823 se creó el cargo de prefecto y quedaron bajo la dependencia del Presidente de la República. Con el tiempo el cargo se delineó como el de máxima autoridad en los departamentos siendo agente de poder y conexión entre las provincias y el gobierno en Lima. Entre sus funciones destacaba el mantenimiento del orden y las instituciones, promover el desarrollo y la modernidad, etc. Al ser un cargo de confianza, la mayoría de los prefectos designados eran amigos u hombres cercanos al mandatario. Asimismo, muchos prefectos también llegaron a asumir la comandancia general de una división regional.