El colegio de la Merced del Cuzco fue establecido por el Reverendo Padre Provincial Miguel Tovar en el año de 1894 y ratificado por decreto del Ministerio de Instrucción en 1911, siendo su primer director el canónigo doctor Melchor Moya. El colegio fue sucesor del antiguo centro que funcionó en el siglo XVIII con el nombre de Colegio de San Ramón Nonato. En el primer tercio del siglo XX, el colegio era particular y funcionaba junto al convento conectado a través de un zaguán; asimismo, el colegio iniciaba sus funciones en el mes de marzo y la educación impartida dentro de sus aulas se prolongaba hasta el mes de diciembre, fecha en que el alumnado entraba de vacaciones.