El colegio San Francisco de Asís tiene su origen en el antiguo Colegio San Buenaventura fundado en 1691 y dirigido por los padres franciscanos. A fines del virreinato fue clausurado por el virrey José de la Serna puesto que se cuestiono la fidelidad del Colegio a la corona. En el siglo XX volvió a funcionar como institución con el nombre de San Francisco de Asís del Cuzco.