Durante la República Aristocrática, los civilistas pensaron que la educación debía cumplir un rol integrador y de progreso. Así, en 1905 la educación comenzó a depender del Estado declarándose la educación obligatoria y gratuita. Posteriormente, durante el segundo gobierno de Augusto B. Leguía, la educación se modernizó y se incrementó el número de estudiantes inscritos a nivel nacional. La educación en Cuzco se impartía en colegios particulares y estatales, siendo representativo el Colegio Nacional de Ciencias fundado en 1825 por Simón Bolívar. Este colegio funcionó primigeniamente en el local del Colegio San Bernardo siendo, de facto, una fusión de este con el de Ciencias. También, el colegio ocupó el local de la Universidad de San Simón, extinta a principios de la república, y posteriormente se instaló en los antiguos claustros del convento de San Francisco, lugar que ocupan hasta la actualidad. Por sus aulas pasaron intelectuales, literatos, científicos y artistas, siendo el lugar de formación de numerosos cuzqueños ilustres.